| 序号 | 实验室名称 | 批准日期 | 负责人 | 学院（系） |
| 1 | 国家药品监督管理局药品评价中心浙江呼吸药物研究重点实验室 | 1997年09月 | 卞如濂 | 基础医学系 |
| 2 | 国家中医药管理局中药药理实验室（三级） | 2009年11月 | 郑筱祥 | 生仪学院 |
| 3 | 国家中医药管理局计算机辅助中药分析实验室（三级） | 2009年11月 | 程翼宇 | 药学院 |
| 4 | 国家中医药管理局中药药理与毒理实验室（三级） | 2009年11月 | 楼宜嘉 | 药学院 |
| 5 | 国家中医药管理局免疫（肾病）实验室（三级） | 2009年11月 | 陈江华 | 附属第一医院 |
| 6 | 国家中医药管理局中药药理（心血管）实验室（三级） | 2009年11月 | 王建安 | 附属第二医院 |
| 7 | 国家中医药管理局病理生理（胃肠病）实验室（三级） | 2009年11月 | 姒健敏 | 附属邵逸夫医院 |
| 8 | 国家中医药管理局中药分析与代谢实验室（三级） | 2009年11月 | 曾 苏 | 药学院 |
| 9 | 国家中医药管理局中药药理（血液病）实验室（三级） | 2009年11月 | 钱文斌 | 附属第一医院 |