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樊龙江教授团队发文阐述植物环形RNA特征 [来源]:ZJU News          [作者]:           [日期]:2018-12-03          [访问次数]:476    

       近日,生物信息学顶级期刊《Briefings in Bioinformatics》(IF5=7.065)在线发表农学院樊龙江教授团队论文“Characteristics of plant circular RNAs”(https://doi.org/10.1093/bib/bby111)。该论文通过分析目前已发表的植物环形RNA(以下简称circRNA)数据,揭示了circRNA特征,包括它的来源、可变剪接(可变环化)现象、剪接信号特征、潜在的miRNA-circRNA网络等,并提出circRNA统一命名规则(图1)。论文通讯作者为樊龙江团队叶楚玉副教授,第一作者为博士生褚琴洁。

       

 

       

 

       图1. 不同植物物种中各种类型circRNA分布比例。该研究共定义了10种不同类型circRNA(A)和水稻、拟南芥等12种植物物种中的分布(B)

 

       环形 RNA是由于特殊的反向剪接,使得下游序列与上游序列结合,引起序列的环化而形成。近年来circRNA分子在人类及动植物基因组中被大量鉴定,并被研究证明具有重要生物学功能,如作为 miRNA的靶标竞争分子、调控编码母基因表达、吸附蛋白等。事实上,该团队近年来一直从事circRNA工作,2015年在国际上率先证实水稻基因组中大量存在circRNA,该项工作发表在New Phytologist(Ye et al., 2015),在植物学界产生广泛影响,成为“Web of Science”高被引论文。同时,该团队前期构建的国际上第一个circRNA数据库PlantcircBase (Chu et al., 2017. Molecular Plant),目前已更新至第3版(图2),可通过http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/index.php访问。该版收集了更多的circRNA,整合了更多最新结果,并增加多项分析功能(如可视化等)。 

       

 

       图2. 植物环化RNA数据库PlantcircBase 3.0主页

              

      (作物所供稿)

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